Sam Ryan is een zeer gerespecteerd hoogleraar Forensische Pathologie aan de universiteit van Londen. Bij moordzaken wordt regelmatig een beroep gedaan op haar expertise.Gedreven en met veel toewijding gaat ze dan op zoek naar de mens achter het lijk en hoe en waarom de persoon in kwestie om het leven is gekomen. In dit zesde seizoen van Silent Witness heeft ze twee dynamische nieuwe collega's die haar assisteren: Dr. Leo Dalton en junior patholoog Harry Cunningham. Het team krijgt te maken met meerdere mysterieuze zaken. Zoals een afgehakte arm die een door de politie gecreëerde doofpot en een prostitutieschandaal aan het licht brengt. Een zeven jaar oud lijk dat verband houdt met een gewelddadige beroving. En de moord op een compleet gezin, waarbij Sam tijdens haar onderzoek ook nog eens een oude liefde tegen het lijf loopt.
Sam Ryan en haar nieuwe collega Leo Dalton worden opgeroepen voor een kettingbotsing waarbij elf doden en talrijke gewonden zijn gevallen. Tussen de autowrakken en de lichamen treffen ze een arm aan die bij geen enkele van de lichamen hoort. Detective Chief Inspector Deacon, eveneens ter plaatse, legt een buitensporige belangstelling aan de dag voor één van de lijken. Bovendien blijken twee betrokkenen undercover-agenten. De nieuwe leerling patholoog Harry Cunningham heeft moeite met zijn eerste autopsie op een kind.
In een huis worden drie leden van één familie dood gevonden, twee anderen zijn gewond. Als meedogenloos zakenpartner was vader Derek Irons, weinig geliefd. Hij had bovendien pas geruzied met zijn minnares en de relatie met zijn zoon Jamie, die de moordpartij overleefde, was gespannen. In een andere zaak heeft Harry zijn bedenkingen bij de dood van mevrouw Boardman, een oude dame die onderaan de trap werd gevonden. Leo wuift zijn twijfels weg.
In een oud fabrieksgebouw wordt een gemummificeerd lijk gevonden. Uiteindelijk identificeert Selina Thompson het lichaam als dat van haar voormalige vriend Marcus, die sinds zeven jaar vermist is. Hij bleek bedenkelijke connecties te hebben en Selina wordt gewaarschuwd de politie niet te helpen. Op de universiteit verdwijnen ondertussen medicijnen uit het toxicologisch laboratorium.
De moord op Jason Villers, die de politie-opleiding volgt, doet denken aan de moord op Michael Ottey, maar de slachtoffers lijken weinig met elkaar gemeen
te hebben. Sam richt haar onderzoek op de politie-opleiding als blijkt dat sergeant Ron Allen details over de moord op Ottey heeft verspreid onder zijn studenten. Steph Vinson vraagt Harry een post mortem uit te voeren op haar overleden man, een oude studievriend van hem.
